Бөлүм 1997-жылы Экологиялык технология деген ат менен ачылган. 1998 жылдан баштап Экологиялык инженерия бөлүмү деп аты өзгөртүлгөн

Биринчи студенттер 1997-1998 кабыл алынып, окутуу башталган.

Экологиялык инженерия бөлүмүнүн демилгеси менен, эл аралык симпозиумдар уюштурулган::

"Болон процессинде Азия өлкөлөрү жана технологиялык парктар пайдалануу илим жана жогорку билим берүү системасын киргизүү", - Бишкек, 13-14-декабрь, 2004 ж. 

"Эл аралык экологиялык симпозиум - 2009", - Бишкек, 20-23, 2009-ж.

Магистрдик программа боюнча студенттер 2007-2008 окуу жылында кабыл алынган.